Annonces, Affiches et Avis divers : à vingt ans, en 1751, il entre comme rédacteur de ces Affiches dites aussi Affiches de Paris (13 mai 1751 - 1811) et qui, le 22 décembre 1778, prendront comme sous-titre Journal général de France. Il tente de séduire la clientèle par une publicité habile et ouvre une rubrique de critique littéraire dont il se charge. Le succès obtenu l'incite à lancer en 1752 les Annonces et Affiches de province composées sur le même modèle. Dans ses articles littéraires, il rend, selon la C.L., «des arrêts fort indécents sur les ouvrages nouveaux». En 1781, un coopérateur des Petites Affiches, Boyer, qui a été embastillé, laisse entendre à sa sortie que c'est l'abbé Aubert qui l'a calomnié auprès du gouvernement. En sa qualité de rédacteur du Journal général de France, il est le chef de toutes les Affiches particulières qui s'impriment dans les provinces et, à l'occasion, leur notifie les ordres et défenses du ministère. En 1784, les Affiches font naître l'idée d'un journal similaire destiné à la Cour : Affiches, Annonces et Avis divers ou Journal général de la Cour dont le Prospectus est reproduit par les Mémoires secrets qui jugent l'essai plus méchant que plaisant. En 1790, «un citoyen breton» adresse à Aubert une lettre où, sur le mode ironique, il propose un moyen certain de donner plus de vogue aux Affiches: il s'agit d'un «projet de vente par décret forcé d'un très beau et magnifique royaume [...] à la barre de l'Assemblée Nationale». L'abbé Aubert se démet de sa rédaction en 1790 et aurait été remplacé par un sieur Bérenger.
En juillet 1766, au moment où P.F. Didot le jeune devient propriétaire du privilège des Mémoires pour servir à l'histoire des sciences et des arts, il se voit confier le périodique où il succède à l'abbé Barthélémy Mercier de Saint-Léger. Grâce à une amélioration de la qualité typographique et à l'attention vigilante du rédacteur, le journal, qui connaît désormais une pagination trimestrielle, sort du discrédit où il était tombé. En janvier 1768, il change de titre, devient le Journal des beaux-arts et des sciences, dédié au comte de Saint-Florentin (1768-1775, 29 vol.). Quand Aubert est nommé à la Gazette de France, il en abandonne la direction et est remplacé par les frères Castilhon.
C'est en septembre 1774 que, comme le bruit en courait depuis quelques jours, il est nommé, par le roi, sur proposition de Vergennes, directeur général de la Gazette de France (1631-1792) en remplacement de Marin. Voltaire commente avec humour : «On dit que l'abbé Aubert est chargé de l'histoire appelée Gazette, attendu qu'il a fait des fables» (D 19110, cf. D 19114). Le 1er avril 1775, les M.S. annoncent qu'«on est si mécontent de la Gazette de France depuis qu'elle est entre les mains de l'abbé Aubert qu'on parle d'en confier la rédaction au sieur Bret». De fait, Antoine Bret est nommé à cette date, mais Aubert conserve la direction générale du privilège. Il la quittera en 1786 pour l'assumer de nouveau de 1791 à 1792.
Selon Théveneau de Morande, il s'intéresse aussi à une «feuille manuscrite qu'il envoie deux fois par semaine en province». Il s'agit très probablement de la correspondance littéraire de Karlsruhe, adressée à la margrave Caroline Louise de Bade-Dourlac de 1757 à 1783, et rédigée successivement par Pierre Morand, Antoine Maillet-Duclairon, Saint-Aubin et enfin A. (du 30 juil. 1770 au 30 avril 1783) ; voir à ce sujet les Correspondances littéraires inédites publiées par J. Schlobach, Champion-Slatkine, Paris-Genève, 1987, p. 61 et suiv.
Censeur chargé de la police de journaux, il a maille à partir avec certains de ses confrères et notamment ceux du Courier de l'Europe et du Journal de Paris. Rédacteur du Courier de l'Europe depuis 1784, Théveneau de Morande ne cesse de se plaindre de lui et d'en parler en termes injurieux. Il l'accuse d'avoir été soudoyé par son prédécesseur, Serres de La Tour, et réussit à obtenir à la fin de 1787 l'élimination de ce censeur accusé d'entraver la marche du périodique et de nuire à son succès. Du tort que leur fait le même censeur, se plaignent également les propriétaires du Journal de Paris. L.P. Manuel rapporte, dans son ouvrage de l'An II, qu'A. parvint à faire convenir le ministre dans une lettre du 26 décembre 1776 que «le Journal de Paris reproduisait sous une autre forme le scandale et la licence des bulletins à la main». Néanmoins A. ne put empêcher un arrêt du Conseil selon lequel aucun ouvrage imprimé ou gravé ne pût être annoncé, à moins de pénalités, qu'après l'avoir été par le Journal des savants ou subsidiairement par celui de Paris. C'est alors qu'il composa un Mémoire dont la péroraison inquiéta le Journal de Paris : «Ce journal à qui l'administration est sans cesse obligée de faire faire des rétractations, des désaveux est devenu le répertoire de toutes les nouvelles controuvées, de tous les faits apocryphes, de toutes les inventions ou imaginaires ou nuisibles, de toutes les querelles entre les gens de lettres, les artistes et les particuliers [...] Quoi! nos Affiches dont le privilège, qui fait partie de celui de la Gazette, remonte à 1612, seraient subordonnées à celui du Journal des savants qui, étant de 1665, leur est postérieur de 53 ans, à celui du Journal de Paris qui, n'étant que de 1776, leur est postérieur de 164 ans! Et la faculté accordée à ces deux journaux par un simple privilège du sceau d'annoncer toutes les nouveautés avant la Gazette et le Journal général de France anéantirait les dispositions des Lettres-patentes d'octobre 1612, mars 1628, février 1630, octobre 1631, avril 1751, juillet 1756 et août 1761, toutes lettres enregistrées soit aux requêtes de l'Hôtel, soit au parlement!». Si l'on en croit une lettre d'A. à M. Durival du 19 mai 1785, le baron de Breteuil donna, à la suite de ce Mémoire, des ordres sévères pour que les objets intéressant son département fussent annoncés par la Gazette. Manuel conclut : «Aubert a toujours nourri le désir et l'espoir de faire mourir la feuille de Paris : il l'avait toujours sous la dent. Tantôt il se plaignait au ministre de ce qu'elle annonçait le 21 décembre 1784 la nomination de l'abbé Maury à une place de l'Académie dont il ne serait question que dans la Gazette du 22, tantôt, pour remuer les puissances, il faisait souffler à Monsieur d'Angervilliers que tous les articles sur le salon devaient lui être soumis, et à Monsieur de Crosne qu'il avait le droit de connaître les juges anonymes des peintres. Mais son grand art était de vanter son crédit en Cour : «Le service du Roi », mandait-il au magistrat le 22 septembre 1787, « m'a été expressément recommandé parce que sa Majesté a témoigné plusieurs fois l'envie d'avoir les affiches de très bonne heure, surtout le lendemain d'une pièce nouvelle». Il est certain que les grands de Versailles devaient au moins être ses abonnés, car il était bien leur très humble serviteur.